Auteur d'une centaine d'articles, Paul-Éric Blanrue a publié : Lumières sur le comte de Chambord (1995, épuisé), Le Mystère du Temple - La vraie mort de Louis XVII (1996, épuisé), Les mensonges de l'Histoire (1996, épuisé), Souvenirs de Marie-Thérèse de France, duchesse d'Angoulême, édition critique (préface, notes et établissement du texte, 1997, épuisé), Miracle ou imposture? L'histoire interdite du " suaire " de Turin, (1999, épuisé), L'Histoire dans tous ses états, (2003, en commande ici), et Les dessous du surnaturel, (2004, en commande ici).

Son nouveau livre consacré au suaire de Turin sort en septembre 2006 (Le secret du Suaire – Autopsie d'une escroquerie, Pygmalion). Il a ensuite sorti Les Malveillantes - Enquête sur le cas Jonathan Littell (Scali, 2006), un livre qui fait le point sur le prix Goncourt 2006.

En juin 2007, il sort un recueil de citations consacré à la judéophobie : Le Monde contre soi - Anthologie des propos contre les Juifs, le judaïsme et le sionisme (Éditions Blanche).

Il prépare une étude sur les origines du christianisme (Quand les chrétiens étaient juifs) à paraître chez Pygmalion en 2008.